С 10 октября 2005 года начинается обучение слушателей по двухгодичной магистерской программе «Геофизические методы контроля разработки месторождений нефти и газа».

Первый год обучения в магистратуре включает изучение дисциплин, предусмотренных для этой специальности требованиями Министерства образования и науки РФ. Второй год обучения совмещен с программой MSc Reservoir Evaluation and Management («Геология нефти и газа») Университета Heriot-Watt (Эдинбург). При успешном прохождении обучения в сентябре 2007 года выпускники получают два диплома: диплом магистра ТПУ и диплом MSc Университета Heriot-Watt.

На втором году условия обучения и проживания соответствуют программе MSc Heriot-Watt (проект REM), реализуемой в Центре с 2003 года.

Для обучения в магистратуре «Геофизические методы контроля разработки месторождений нефти и газа» приглашаются выпускники ВУЗов (бакалавры, специалисты, магистры) с геолого-геофизическим, нефтяным и физико-математическим профилем образования.